한국기독교역사박물관은 1955년 “한국 기독교 문화 창달” 이라는 목적을 갖고 설립된 기독교문사에 뿌리를 두고 있다. 초교파적 문서 선교 기관으로 설립된 기독교문사는 1985년 한국 기독교 선교 100주년을 기념하여 편찬한 “기독교대백과사전” 전16권을 비롯하여 다양한 기독교 양서들을 출판하였으며, 그 과정에서 한국 교회의 신앙ㆍ역사ㆍ문화와 관련된 10만여 점의 귀중 자료를 수집하게 되었다.

여기에 한국기독교역사박물관의 설립자인 향산 한영제 장로는 이 자료들이 학계와 교계에 연구 자료로 사용될 수 있도록 “향산기독교문화연구원”을 설립했으며, 2001년 11월 11일, 일반인에게도 그 기회의 폭을 넓히기 위하여 경기도 이천에 본 박물관을 설립하였다.

2007년 평양 대부흥운동 100주년을 맞아 현 부지 내에 “평양장대현교회”를 축소 복원하여 관람객들이 초대교회 신앙 회복과 문화를 체험 할 수 있도록 기회를 제공하고 있다.